Zapach moczu zdrowego i dobrze nawodnionego osobnika jest zwykle „sui generis" i jako taki pozbawiony nieprzyjemnych zapachów. W rzeczywistości mówimy o normalnie aseptycznym płynie, który zawiera zmienne stężenia substancji odpadowych w zależności od diety, stanu zdrowia i nawodnienie i przyjmowanie jakichkolwiek leków.
Nieprzyjemny zapach w moczu może więc być oznaką stanów patologicznych, ale niekoniecznie.
(ponieważ substancje rozpuszczone odpowiedzialne za nieprzyjemny zapach zwiększają swoje stężenie; w ten sposób mocz nabiera szczególnie ciemnego koloru i charakterystycznego zapachu amoniaku);
Zapalenie pęcherza moczowego, infekcje dróg moczowych, odmiedniczkowe zapalenie nerek (infekcje nerek), zapalenie cewki moczowej, zapalenie gruczołu krokowego i zapalenie pochwy (w tym przypadku problem może nie dotyczyć dróg moczowych, ze względu na bliskość anatomiczną - więcej patrz: zapach pochwy);
Niewydolność wątroby;
Cukrzycowa kwasica ketonowa i ketonuria (również typowe dla długotrwałego postu, któremu towarzyszy obfity mocz o słodkawym zapachu podobnym do acetonu);
Przetoka odbytniczo-pochwowa;
Fenyloketonuria (rzadka choroba obecna od urodzenia);
Przyjmowanie suplementów witaminy B-6
Zaburzenia metaboliczne;
Choroba syropu klonowego (rzadko);
Trimetyloaminuria lub zespół rybiego zapachu (rzadko);
Niektóre leki mogą również zmieniać zapach moczu, w tym niektóre antybiotyki, takie jak amoksycylina, ampicylina, nitrofurantoina, cyprofloksacyna, norfloksacyna, ofloksacyna i trimetoprim.
Przyczyny nieprzyjemnego zapachu moczu można zbadać za pomocą prostej analizy moczu i posiewu (w poszukiwaniu wszelkich infekcji bakteryjnych).
