pH stolca jest zwykle obojętne lub lekko zasadowe (6,8 - 7,5). Bardziej kwaśne stolce, fizjologiczne tylko u noworodka, mogą wskazywać na infekcje jelitowe (Escherichia coli, Rotawirus) lub zaburzenia trawienia, takie jak nietolerancja laktozy czy tłuszczu (stolce tłuszczowe z powodu niewydolności trzustki lub zastój żółciowych).
Na pH stolca wpływają nawyki żywieniowe osobnika; na przykład diety nadmiernie bogate w mięso i produkty mleczne sprawiają, że stolec jest bardziej zasadowy. W rzeczywistości gnijąca flora bakteryjna jelit niszczy aminokwasy, które nie zostały wchłonięte, wytwarzając toksyczne i śmierdzące aminy, w konsekwencji pH kału ma tendencję do wzrostu w wyniku zwiększonej produkcji amoniaku. Dlatego nie jest przypadkiem, że zbyt zasadowe pH kału, któremu towarzyszy redukcja krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (patrz maślan), wiąże się ze zwiększonym ryzykiem raka jelita grubego.
Jeśli pH kału ma tendencję do wzrostu w obecności dysbiozy gnilnej, ma tendencję do zmniejszania się w obecności dysbiozy fermentacyjnej, której przyczyny należy szukać w nadmiernym spożyciu węglowodanów lub złym ich wchłanianiu ( celiakia). Nawet w obecności „obfitego spożycia lipidów, w dietach wegetariańskich i podczas długotrwałego postu, pH stolca staje się kwaśne.
Aby uniknąć zniekształcenia wyników testu, stolec nie może być zanieczyszczony moczem i musi być szybko schłodzony, aby zapobiec zakwaszeniu pH kału przez amoniak i bakterie gnilne w moczu.